华中农业大学植物科学技术学院导师介绍：林忠旭

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基本信息姓名: 林忠旭 出生年月: 1978.2
性别: 男 硕/博导： 博导
民族: 汉 开设课程： 植物生物技术
职称: 教授 研究方向： 棉花分子数量遗传与育种
学位: 农学博士

联系方式 办公电话：027-87283955
电子邮件：linzhongxu@mail.hzau.edu.cn

个人简介林忠旭，男，1978年2月出生，教授，博士，研究方向为棉花分子数量遗传学、图位克隆基因及分子标记辅助育种。1996－2000年在华中农业大学植物科学技术学院作物遗传育种专业学习，获农学学士学位。2000－2005年在植物科学技术学院攻读作物遗传育种博士学位（硕博连读），于2005年毕业，获得农学博士学位。2005年毕业后留校执教，在作物遗传改良国家重点实验室棉花课题组进行研究工作，主要从事棉花分子标记的开发、遗传图谱构建、数量性状定位、图位克隆基因、棉花导入系的构建和分子标记辅助育种。2009年1－8月在美国新墨西哥州立大学从事学术访问，进行棉花功能标记的开发与应用研究。

科学研究：
主要从事棉花分子标记的相关工作，包括新型分子标记的开发、利用分子标记构建棉花遗传连锁图、重要性状的QTL定位与图位克隆、分子标记辅助育种。目前的研究内容有（1）利用高通量测序技术开发高通量棉花SNP标记，用于构建高密度遗传图谱、QTL定位、全基因组关联分析以及棉花基因组结构和进化研究。（2）陆地棉导入系的构建。利用我们已经构建的高密度分子标记遗传图谱为辅助，从回交后代中筛选含有海岛棉片段的导入系。除此之外，利用四倍体棉花的半野生种达尔文棉、毛棉和黄褐棉作为供体，向陆地棉进行片段导入。利用这些导入系进行棉花重要经济性状QTL定位与分子标记辅助育种。（3）陆地棉全基因组关联分析解析棉花重要性状形成的遗传基础以及骨干亲本的遗传机理。（4）利用特殊遗传材料采用正向遗传学方法精细定位和克隆棉花基因，解析棉花种间杂交机理。

2016年拟招生方向及人数：作物遗传育种，硕士研究生3人，博士研究生1人，欢迎有生物信息学基础的同学报考，有意向者尽快与我联系确定名额。

学术兼职：
Journal of Plant Studies、Advances in Agriculture编委

研究生培养：
2012年毕业生：
王夏青：2011年大北农奖学金获得者；2012年校优硕，2013年省优硕
涂建丽：2013年校优硕
2013年毕业生：
陈学梅：2012年国家奖学金获得者
2014年毕业生：
郭欢乐：2013年国家奖学金获得者
 

科研项目在研项目：
国家自然科学基金：棉花偏分离染色体遗传机理与效应分析，2012-2015，主持
国家自然科学基金：利用MAGIC群体解析陆地棉重要经济性状的遗传基础，2014-2017，主持
湖北省杰青：利用连锁和关联分析剖析棉籽含油量的遗传基础，2014-2016年，主持
转基因专项子课题“棉花导入系构建”，2011－2015年，主持
973课题“棉花高油脂产量优异亲本形成的遗传解析与利用”2011－2015，参加

已结题项目：
国家自然科学基金：分子标记辅助选择构建棉花种间单片段代换系及其遗传评价，2007-2009，主持
国家自然科学基金：海岛棉重要经济性状遗传基础的分子解析及其应用，2009-2011，主持
863子项目"转基因新技术开发及新品种选育"，2007.01－2009.12，主持
农业部棉花种子真实性和纯度分子检测技术研究，2011-2013年，主持
华中农业大学自主科技创新基金目标导向项目：陆地棉群体结构分析及关联作图，2012-2013，主持

发明专利及获奖情况（1）张献龙，林忠旭，聂以春，贺道华。一种棉花分子遗传连锁作图的方法。专利号：ZL03119012.X，2006年5月授权。
（2）林忠旭，《Linkage map construction and mapping QTL for cotton fiber quality using SRAP, SSR and RAPD》获湖北省第十一届自然科学优秀学术论文二等奖，2006年12月。
（3）林忠旭，《棉花分子标记遗传连锁图构建和产量、纤维品质相关性状定位》，华中农业大学优秀博士学位论文，2007年7月。
（4）2006年度、2007年度华中农业大学教学质量优秀三等奖。
（5）华中农业大学第八届青年教师讲课竞赛三等奖,2008年。
（6）“棉花分子育种技术体系建立与应用” ，湖北省技术发明二等奖，2008.12
（7）荣获2008年度“中国百篇最具影响国内学术论文”
（8）华中农业大学2009届本科生创新论文（设计）指导奖
（9）张献龙，林忠旭，刘传祥。利用EST-SSR标记-棉花纤维转录，ZL201010196031.0
（10）张献龙、聂以春、朱龙付、林忠旭、郭小平、卢怀玉、杨国正、余宏章、涂礼莉。强优势多抗杂交棉新品种“华杂棉H318”的选育与应用。2012年湖北省科技进步奖一等奖
（11）2012年华中农业大学优秀硕士学位论文指导奖
（12）张献龙，聂以春，朱龙付，郭小平，卢怀玉，刘立清，林忠旭，涂礼莉，杨国正，金双侠，杨细燕，邹勇，余宏章，袁道军，“棉花种质创新及强优势杂交棉新品种选育与应用” 2013年国家科技进步二等奖

发表的论文及著作一、科研论文
2015年
1. Hantao Wang, Xin Jin, Beibei Zhang, Chao Shen and Zhongxu Lin*. Enrichment of an intraspecific genetic map of upland cotton by developing markers using parental RAD sequencing. DNA Research, 2015, 22(2), 147–160(5年IF=5.707)
2. Chen X, Jin X, Li X, Lin Z*. Genetic Mapping and Comparative Expression Analysis of Transcription Factors in Cotton. PLoS ONE, 2015, 10(5): e0126150. doi:10.1371/journal.pone.0126150(5年IF=3.702)
3. Hantao Wang, Cong Huang, Huanle Guo, Ximei Li, Wenxia Zhao, Baosheng Dai, Zhenhua Yan, Zhongxu Lin*. QTL Mapping for Fiber and Yield Traits in Upland Cotton under Multiple Environments. PLoS One. 2015, 10(6): e0130742. doi: 10.1371/journal.pone.0130742(5年IF=3.702).
4. Said JI, Song M, Wang H, Lin Z, Zhang X, Fang DD, Zhang J. A comparative meta-analysis of QTL between intraspecific Gossypium hirsutum and interspecific G. hirsutum × G. barbadense populations. Mol Genet Genomics, 2015, 290:1003–1025(5年IF=2.907)
2014年
1.Hantao Wang, Ximei Li, Wenhui Gao, Xin Jin, Xianlong Zhang, Zhongxu Lin*. Comparison and development of EST–SSRs from two 454 sequencing libraries of Gossypium barbadense. Euphytica, 2014, 198:277–288. (IF=1.385)
2.J.L. Tu, M.J. Zhang, X.Q. Wang, X.L. Zhang and Z.X. Lin*. Genetic dissection of upland cotton (Gossypium hirsutum) cultivars developed in Hubei Province by mapped SSRs. Genet. Mol. Res. 2014, 13 (1): 782-790 (IF=0.775)
3.尤春源，聂新辉，张胜，郭欢乐，王夏青，林忠旭*。新疆彩色棉23个品种指纹图谱的构建及遗传多样性分析。棉花学报，2014，26，（2）：161-170。
4. Gaofeng Ren, Ximei Li, Zhongxu Lin*. Mining, genetic mapping and expression analysis of EST-derived resistance gene homologs (RGHs) in cotton. BMC Plant Biology 2014, 14:203(IF=3.813)
5.聂新辉，尤春源，李晓方，秦江鸿，黄聪，郭欢乐，王夏青，赵文霞，林忠旭*。新陆早棉花品种DNA指纹图谱的构建及遗传多样性分析。作物学报，2014，40 (12): 2104-2117
6.Ximei Li, Wenhui Gao, Huanle Guo, Xianlong Zhang, David D Fang and Zhongxu Lin*. Development of EST-based SNP and InDel markers and their utilization in tetraploid cotton genetic mapping. BMC Genomics 2014, 15: 1046(IF=3.986)
7.CHUANXIANG LIU, DAOJUN YUAN, ZHONGXU LIN*. Construction of an EST-SSR-based interspecific transcriptome linkage map of fibre development in cotton. Journal of Genetics, 2014, 93, 3, 689-697(IF=1.093).
2013年
1.Muhammad Mahmood Ahmed, Huanle Guo, Cong Huang, Xianlong Zhang and Zhongxu Lin*. Selection of core SSR markers for fingerprinting upland cotton cultivars and hybrids. AJCS, 2013, 7(12):1912-1920.
2.Xuemei Chen, Wenhui Gao, Jinfa Zhang, Xianlong Zhang and Zhongxu Lin*. Linkage mapping and expression analysis of miRNAs and their target genes during fiber development in cotton. BMC Genomics 2013, 14:706. (IF=4.04)
3.X.Q. Wang, Y. Yu, W. Li, H.L. Guo, Z.X. Lin*, X.L. Zhang. Association analysis of yield and fiber quality traits in Gossypium barbadense with SSRs and SRAPs. Genet Mol Res, 2013, 12 (3): 3353 – 3362. (IF=0.85)
4.Liu C., Yuan D., Zhang X. and Lin Z*. Isolation, characterization and mapping of genes differentially expressed during fibre development between Gossypium hirsutum and G. barbadense by cDNA-SRAP. J Genet, 2013, 92, 175–181. (IF=1.01)
5.Xiaqing Wang, Yu Yu, Jian Sang, Qingzhang Wu, Xianlong Zhang, Zhongxu Lin*. Intraspecific linkage map construction and QTL mapping of yield and fiber quality of Gossypium babardense. AJCS, 2013, 7(9):1252-1261.
6.Li X, Yuan D, Zhang J, Lin Z*, Zhang X. Genetic Mapping and Characteristics of Genes Specifically or Preferentially Expressed during Fiber Development in Cotton. PLoS ONE, 2013, 8(1): e54444. (IF=3.53)
2012年
1.Bin Wang, Yichun Nie, Zhongxu Lin*, Xianlong Zhang, Junjie Liu and Jing Bai. Molecular diversity, genomic constitution, and QTL mapping of fiber quality by mapped SSRs in introgression lines derived from Gossypium hirsutum × G. darwinii Watt. TAG, 2012, 125:1263-1274. (IF=3.658)
2.Zhongxu Lin, Ying Wang, Xianlong Zhang & Jinfa Zhang. Functional Markers for Cellulose Synthase and Their Comparison to SSRs in Cotton. Plant Mol Biol Rep, 2012, 30:1270–1275. (IF=5.319)
3.Ximei Li, Daojun Yuan, Hantao Wang, Xuemei Chen, Bin Wang, Zhongxu Lin*, Xianlong Zhang. Increasing cotton genome coverage with polymorphic SSRs as revealed by SSCP. Genome, 2012, 55(6): 459-470. (IF=1.668)
4.Xiaqing Wang, Gaofeng Ren, Ximei Li, Jianli Tu, Zhongxu Lin* and Xianlong Zhang. Development and Evaluation of Intron and Insertion–Deletion Markers for Gossypium barbadense. Plant Mol Biol Rep, 2012, 30 (3), 605-613. (IF=5.319)
5.Yu Yu, Zhongxu Lin* and Xianlong Zhang. Genome-wide identification of recombination rates of male versus female gametes in inter-specific population of cotton. Pak J Bot, 2012, 44(2): 521-529. (IF=0.872)
6.Chuanxiang Liu, Zhongxu Lin* and Xianlong Zhang. Unbiased genomic distribution of genes related to cell morphogenesis in cotton by chromosome mapping. Plant Cell, Tissue and Organ Culture (PCTOC), 2012, 108 (3), 529-534. (IF=3.633)
2011年
1.X.Q. Wang, C.H. Feng, Z.X. Lin* and X.L. Zhang. Genetic diversity of sea-island cotton (Gossypium barbadense) revealed by mapped SSRs. Genet Mol Res, 2011, 10 (4): 3620-3631 (IF=1.184)
2.Yu Y, Yuan DJ, Liang SG, Li XM, Wang XQ, Lin ZX*, Zhang XL. Genome structure of cotton revealed by a genome-wide SSR genetic map constructed from a BC1 population between Gossypium hirsutum and G. barbadense. BMC Genomics, 2011, 12:15 (IF=4.073)
2010年
1.余渝，张艳欣，林忠旭*，张献龙。棉花种间BC1群体偏分离的遗传剖析。作物学报，2010，36 (10): 1657-1665
2.Zhongxu LIN, Daojun YUAN, Xianlong ZHANG. Mapped SSR markers unevenly distributed on the cotton chromosomes. Front. Agric. China, 2010, 4(3): 257–264
2009年
1.林忠旭，冯常辉，郭小平，张献龙。陆地棉产量、品质相关性状主效QTL和上位性互作分析。中国农业科学，2009，42（9）：3036－3047
2.余 渝，王夏青，冯常辉，林忠旭*，张献龙。棉花纤维特异/优势表达基因的染色体定位。棉花学报，2009，20（6）：435－441.
3.张培培，王夏青，余杨（三人皆为2009届本科毕业生），余渝，林忠旭*，张献龙。首批海岛棉基因组来源的微卫星标记的分离、评价和定位。作物学报，2009，35（6）：1013－1020
4.Zhongxu Lin, Yanxin Zhang, Xianlong Zhang and Xiaoping Guo. A high-density integrative linkage map for Gossypium hirsutum. Euphytica, 2009, 166:35–45 (IF=1.405)
2008年
1.LIN Zhong-xu, WANG Jin-feng（王锦峰，2006届毕业生）, ZHANG Xian-long. Characteristics of Gossypium thurberi and G. anomalum introgression lines of G. hirsutum revealed by EST-SSR and gSSR. Cotton science, 2008, 20(4):243-248
2.余 渝，王志伟，冯常辉，张艳欣，林忠旭*，张献龙。草棉EST-SSRs的遗传评价。作物学报，2008，34 (12): 2085-2091。
3.李武，倪薇（2007届毕业生），林忠旭*， 张献龙。海岛棉遗传多样性的SRAP标记分析。作物学报，2008，34（5）：893－898
2007年
1.ZHANG Yanxin, LIN Zhongxu*, LI Wu, TU Lili, NIE Yichun, ZHANG Xianlong. Studies of new EST-SSRs derived from Gossypium barbadense. Chinese Science Bulletin, 2007, 52 (18): 2522-2531.
2005年
1.Z. Lin, D. He, X. Zhang, Y. Nie, X. Guo, C. Feng, and J. McD. Stewart. Linkage map construction and mapping QTL for cotton fiber quality using SRAP, SSR and RAPD. Plant Breeding, 2005, 124 (2): 180-187. (IF=0.941)
2004年
1.林忠旭，张献龙，聂以春．新型标记SRAP在棉花F2分离群体及遗传多样性评价中的适应性分析．遗传学报，2004，31（6）：622－626。
2003年
1.LIN Zhongxu, ZHANG Xianlong, NIE Yichun, HE Daohua & WU Maoqing. Construction of a genetic linkage map for cotton based on SRAP. Chinese Science Bulletin, 2003, 48 (19): 2063－2067.
二、大会报告
1.Introgression of exotic germplasm into upland cotton for cotton genetics and breeding. WCRC-5, Mumbai, India, November 7-11, 2011
2.棉花功能标记开发的策略及应用。湖南长沙，2013年8月8-9
3.Genomic structure revealed by functional merkers in cotton. 2014 ICGI Research Conference, Wuhan, China, Sep.25-28, 2014