2019年复旦大学875生物信息学考研大纲

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875生物信息学考试大纲

一、考试内容范围

生物信息学是一门综合交叉学科，是采用信息科学、计算机科学和数学等学科的观点和方法对生命的现象及其组成分子(核酸、蛋白质等)进行研究，主要研究生命中的本质和规律，包括物质组成、结构功能、生命体的能量和信息交换传递等。

知识结构：

★ 生物信息学概论和数据库

★ 序列数据的收集和存储

★ 基因组序列组装和基因注释

★ 基因结构元件识别和分析

★ 双序列与多序列比对

★ 数据库检索算法

★ 序列变异研究的算法与进化分析

★ 基因表达与调控网络

★ 表观遗传学数据分析

★ 蛋白质分类与结构预测

考核内容：

了解生物信息学概念、研究方向和发展趋势，并熟悉重要的生物信息中心和常用数据库。

了解不同类型序列数据的获取方式，掌握常用的序列存储格式及转换方式。

掌握常用序列联配算法，了解打分矩阵及空位罚分算法，并理解多重序列比对与进化分析的关系。

理解进化分析与亲缘树的关系，掌握三种进化分析算法(最大似然法、距离法和最大简约法)。

掌握转录组分析基本方法，理解基因表达差异分析的算法。

了解染色质免疫共沉淀技术，掌握ChIP-Seq数据处理流程和下游分析流程。

掌握蛋白质结构的组成和层次，理解序列相似性与结构相似性同蛋白质分类之间的关系，掌握蛋白质结构预测方法，包括二级结构和三级结构。

二、试卷结构

试卷满分150分。序列分析算法、数据库搜索工具、进化分析原理约占80分左右，新一代测序数据分析、表观遗传及相关生物信息学工具和分析等约占70分。

三、参考书目

陈铭生物信息学科学出版社2018年09月第三版